在心理治療中合理的使用寓言故事可以起到一定的治療作用，在具體運用過程中需要在以下幾個方面注意：首先故事的運用不能在一開始治療時就直接插入，要把握運用的時機，一般適合在治療開始一段時間以后，或者在治療的中后期，等來訪者把自己的心理問題陳述和治療師進行驗證后，為了幫助來訪者認識自己的問題或者認識問題的解決方式時，結合實際問
題有針對性地進行寓言故事的插入和運用。其次，在運用寓言故事時要注意與來訪者的實際問題之間的聯系，要注意來訪者的文化程度和接受能力，一般來說中等文化教育的人接受寓言故事效果較好，相反文化程度很高的人會覺得醫生用故事像是教育他們，因為這些道理他們都認為很懂，而文化程度較差的人接受故事時有時候不能夠完全領會其中的內涵，需要治療師反復解釋和交代。第三，在運用寓言故事時要注意時代性的變遷與意義的解釋，同樣的故事，不同的時代可以有不同的解釋方法和意義，因此治療師要學會靈活的運用這些故事的內涵和道理，目的是要到良好的治療效果。