認知領悟療法的治療機制是把無意識的心理活動變成意識的，患者真正認識到癥狀的意義而得到領悟，從而使癥狀消失。這也是心理分析和各種心理動力學療法的治療機制。但具體領悟的方式和領悟的內容則有所不同。正統的心理分析療法要經過長時間的自由聯想，使患者逐漸了解癥狀的象征性意義，除去精神防御機制的化裝，使患者領悟到幼年期未能滿足的性心理癥結。精神分析療法是讓患者盡可能回憶過去的各種精神創傷的經歷，以找出癥狀的無意識依據。而認知領悟療法則是直接與患者討論、分析臨床癥狀的性質，使患者認識到其病態情緒和行為的幼稚性，認識和領悟到這些情緒和行為原來是幼年兒童的心理和行為模式，與其成年人的年齡和身份是不相稱的，從而主動放棄這種幼稚的認識和行為，從而達到治療的目的。
認知領悟療法可以看作是在治療者的指導下，對患者進行自我教育，并對其幼稚的心理進行改造的過程。患者在接受治療前對其病態行為的幼稚性和幼年兒童的行為模式不能自知，通過治療者解釋、分析、討論，患者聯系自己進行深入思考后，最終能真正認識到其病態思維和行為的幼稚性，領悟到這些癥狀表現是幼年期留下的痕跡，可現在是成年人了，不能再以幼年時期的行為模式去對待生活了，最后隨著患者認知模式的改變，其幼稚的情感和行為也發生了根本的變化，臨床癥狀自然消失。